Atas dasar temuan arkeologis, telah dipostulatkan bahwa hominid aktivitas di Jepang dapat dilakukan sejak 200.000 SM ketika pulau-pulau itu terhubung ke daratan Asia. Meskipun beberapa sarjana meragukan tanggal awal huni ini, sebagian besar setuju bahwa sekitar 40.000 SM. glasiasi telah menghubungkan kembali pulau-pulau dengan daratan.
Populasi Tanah Jepang
Berdasarkan bukti arkeologis, mereka juga setuju bahwa antara 35.000 dan 30.000 SM. Homo sapiens telah bermigrasi ke pulau-pulau dari Asia timur dan tenggara dan memiliki pola berburu, meramu, dan membuat peralatan batu yang sudah mapan. Alat-alat batu, tempat tinggal, dan fosil manusia dari periode ini telah ditemukan di seluruh pulau Jepang.
Periode Jomon
Pola hidup yang lebih stabil memunculkan sekitar 10.000 SM. untuk Neolitik atau, seperti pendapat beberapa pakar, Mesolitik budaya. Mungkin leluhur jauh dari orang asli Ainu di Jepang modern, anggota budaya Jomon yang heterogen (ca. 10.000-300 SM) meninggalkan catatan arkeologis yang paling jelas. Pada 3.000 SM, orang-orang Jomon membuat patung-patung dan bejana tanah liat yang dihiasi dengan pola-pola yang dibuat dengan mengesankan tanah liat basah dengan tali dan batang dikepang atau tidak diikat (Jomon berarti 'pola anyaman tali') dengan pertumbuhan kecanggihan. Orang-orang ini juga menggunakan alat batu pecah-pecah, perangkap, dan busur dan mereka adalah pemburu, pengumpul, dan nelayan pesisir dan perairan dalam yang terampil. Mereka mempraktikkan bentuk pertanian yang belum sempurna dan tinggal di gua-gua dan kemudian dalam kelompok-kelompok baik sementara rumah lubang dangkal atau rumah di atas tanah, meninggalkan dapur kaya raya untuk studi antropologi modern.
Pada akhir periode Jomon, sebuah perubahan dramatis telah terjadi menurut penelitian arkeologi. Budidaya baru jadi telah berevolusi menjadi pertanian padi yang canggih dan kontrol pemerintah. Banyak elemen budaya Jepang lainnya yang mungkin berasal dari periode ini dan mencerminkan migrasi yang bercampur dari benua Asia utara dan wilayah Pasifik selatan. Di antara elemen-elemen ini adalah mitologi Shinto, kebiasaan pernikahan, gaya arsitektur, dan perkembangan teknologi, seperti pernis, tekstil, pengerjaan logam, dan pembuatan kaca.
Periode Yayoi
Periode budaya berikutnya, Yayoi (dinamai setelah bagian Tokyo tempat penyelidikan arkeologi membuka jejaknya) berkembang antara sekitar 300 SM. dan 250 M. dari Kyushu selatan ke utara Honshu. Yang paling awal dari orang-orang ini, yang diperkirakan telah bermigrasi dari Korea ke Kyushu utara dan bercampur dengan Jomon, juga menggunakan alat-alat batu terkelupas. Meskipun tembikar Yayoi lebih maju secara teknologi, itu lebih sederhana dari pada hiasan Jomon.
Yayoi membuat lonceng upacara perunggu, cermin, dan senjata yang tidak berfungsi dan, pada abad pertama M., alat-alat pertanian besi dan senjata. Ketika populasi meningkat dan masyarakat menjadi lebih kompleks, mereka menenun kain, tinggal di desa-desa pertanian permanen, dibangun bangunan kayu dan batu, akumulasi kekayaan melalui kepemilikan tanah dan penyimpanan biji-bijian, dan dikembangkan sosial yang berbeda kelas. Budidaya padi sawah irigasi mereka mirip dengan Cina tengah dan selatan, yang membutuhkan input besar tenaga manusia, yang mengarah pada pengembangan dan pertumbuhan akhirnya dari masyarakat agraris yang sangat menetap.
Tidak seperti Cina, yang harus melakukan pekerjaan umum besar dan proyek-proyek pengendalian air, yang mengarah ke pemerintah yang sangat tersentralisasi, Jepang memiliki banyak air. Di Jepang, perkembangan politik dan sosial lokal relatif lebih penting daripada aktivitas otoritas pusat dan masyarakat yang bertingkat.
Catatan tertulis paling awal tentang Jepang berasal dari sumber-sumber Cina dari periode ini. Wa (pengucapan bahasa Jepang dari nama Cina awal untuk Jepang) pertama kali disebutkan dalam A.D. 57. Sejarawan Tiongkok awal menggambarkan Wa sebagai tanah ratusan komunitas suku yang tersebar, bukan tanah bersatu dengan tradisi 700 tahun sebagaimana tercantum dalam Nihongi, yang menempatkan dasar Jepang di 660 SM
Sumber-sumber Cina abad ketiga melaporkan bahwa orang-orang Wa hidup dengan sayuran mentah, beras, dan ikan yang disajikan di atas nampan bambu dan kayu, memiliki hubungan guru-bawahan, mengumpulkan pajak, memiliki lumbung dan pasar provinsi, bertepuk tangan dalam ibadah (sesuatu yang masih dilakukan di kuil Shinto), mengalami pergulatan suksesi yang keras, membangun gundukan tanah yang terbuat dari tanah, dan mengamati duka. Himiko, seorang penguasa wanita dari federasi politik awal yang dikenal sebagai Yamatai, berkembang pada abad ketiga. Sementara Himiko memerintah sebagai pemimpin spiritual, adik laki-lakinya melakukan urusan negara, yang mencakup hubungan diplomatik dengan pengadilan Dinasti Wei Tiongkok (220-265 M.).