Kontak paling awal antara kedua negara adalah melalui pedagang dan penjelajah. Kemudian pada pertengahan 1800-an beberapa perwakilan dari AS melakukan perjalanan ke Jepang untuk menegosiasikan perjanjian perdagangan, termasuk Komodor Matthew Perry pada 1852 yang menegosiasikan perjanjian perdagangan pertama dan Konvensi Kanagawa. Demikian juga, delegasi Jepang datang ke AS pada 1860 dengan harapan memperkuat hubungan diplomatik dan perdagangan antara kedua negara.
perang dunia II melihat negara-negara diadu satu sama lain setelah Jepang membom pangkalan angkatan laut Amerika di Pearl Harbor, Hawaii, pada tahun 1941. Perang berakhir pada 1945 setelah Jepang menderita hubungan sebab akibat yang luar biasa dari Jepang pemboman atom Hiroshima dan Nagasaki dan pengeboman Tokyo.
Pada tanggal 14 Agustus 1945, Jepang menyerah yang mengarah ke pendudukan oleh pasukan Sekutu yang menang. Setelah mendapatkan kendali atas Jepang, Presiden AS Harry Truman diangkat Jenderal Douglas MacArthur sebagai Panglima Tertinggi Kekuatan Sekutu di Jepang. Pasukan Sekutu bekerja pada rekonstruksi Jepang, serta mengkonsolidasikan legitimasi politik dengan secara terbuka berdiri di sisi Kaisar Hirohito. Ini dibolehkan
MacArthur untuk bekerja dalam sistem politik. Pada akhir tahun 1945, sekitar 350.000 prajurit AS berada di Jepang mengerjakan berbagai proyek.Di bawah kendali Sekutu, Jepang melakukan transformasi luar biasa yang ditandai oleh Jepang konstitusi baru Jepang yang menekankan prinsip demokrasi, reformasi pendidikan dan ekonomi, dan demiliterisasi yang tertanam dalam konstitusi Jepang yang baru. Ketika reformasi berlangsung, MacArthur secara bertahap menggeser kendali politik ke Jepang yang mencapai puncaknya dalam Perjanjian San Francisco 1952 yang secara resmi mengakhiri pendudukan. Kerangka kerja ini adalah awal dari hubungan yang erat antara kedua negara yang berlangsung hingga hari ini.
Periode setelah perjanjian San Francisco telah ditandai oleh kerjasama yang erat antara keduanya negara, dengan 47.000 prajurit militer AS yang tersisa di Jepang atas undangan Jepang pemerintah. Kerja sama ekonomi juga telah memainkan peran besar dalam hubungan dengan AS yang memberi Jepang sejumlah besar bantuan dalam periode pasca-perang karena Jepang menjadi sekutu di Jepang. Perang Dingin. Kemitraan ini telah menghasilkan kebangkitan kembali ekonomi Jepang yang tetap menjadi salah satu ekonomi terkuat di kawasan ini.