Senyawa molekuler mengandung dua atau lebih bukan logam (bukan ion amonium). Biasanya, Anda dapat mengenali senyawa molekuler karena elemen pertama dalam nama senyawa adalah bukan logam. Namun, beberapa senyawa molekul mengandung hidrogen, jika Anda melihat senyawa yang dimulai dengan "H", Anda dapat menganggapnya sebagai asam dan bukan senyawa molekul. Senyawa yang hanya terdiri dari karbon dengan hidrogen disebut hidrokarbon. Hidrokarbon memiliki nomenklatur khusus sendiri, sehingga mereka diperlakukan secara berbeda dari senyawa molekuler lainnya.
Nonlogam dapat bergabung dalam berbagai rasio, sehingga penting bahwa nama senyawa molekuler menunjukkan berapa banyak atom dari setiap jenis elemen yang ada dalam senyawa tersebut. Ini dilakukan dengan menggunakan awalan. Jika hanya ada satu atom dari elemen pertama, tidak ada awalan yang digunakan. Merupakan kebiasaan untuk mengawali nama satu atom dari elemen kedua dengan mono-. Misalnya, CO dinamai karbon monoksida daripada karbon oksida.
Anda dapat menulis rumus untuk senyawa kovalen dari namanya dengan menulis simbol untuk elemen pertama dan kedua dan menerjemahkan awalan ke dalam subskrip. Sebagai contoh, xenon hexafluoride akan ditulis XF6. Adalah umum bagi siswa untuk mengalami kesulitan menulis rumus dari nama senyawa karena senyawa ionik dan senyawa kovalen sering bingung. Anda tidak menyeimbangkan muatan senyawa kovalen; jika senyawa tidak mengandung logam, jangan coba menyeimbangkan ini!