Tidak ada kandidat wakil presiden "resmi" dalam pemilihan 1800. Menurut Konstitusi AS, para pemilih membuat dua pilihan untuk presiden dan siapa pun yang menerima suara terbanyak menjadi presiden. Orang dengan suara terbanyak kedua menjadi wakil presiden. Ini akan berubah dengan berlalunya Amandemen ke-12.
Meskipun tidak ada kandidat wakil presiden resmi, Thomas Jefferson berlari dengan Aaron Burr sebagai pasangannya. "Tiket" mereka menerima suara terbanyak dan keputusan siapa yang akan menjadi presiden diberikan kepada para pemilih. John Adams dipasangkan dengan Pinckney atau Jay. Namun, menurut Arsip Nasional, tidak ada catatan resmi tentang jumlah suara populer yang disimpan.
Ada ikatan pemilihan antara Thomas Jefferson dan Aaron Burr masing-masing dengan 73 suara. Karena itu, Dewan Perwakilan Rakyat harus memutuskan siapa yang akan menjadi presiden dan siapa yang akan menjadi wakil presiden. Karena kampanye yang intens oleh Alexander Hamilton, Thomas Jefferson terpilih atas Aaron Burr setelah 35 surat suara. Tindakan Hamilton akan menjadi salah satu faktor yang menyebabkan kematiannya dalam duel dengan Burr pada 1804.