Di antara banyak pilihan, kelima noda ini adalah yang paling umum, dimulai dengan etidium bromida, yang paling banyak digunakan. Ketika bekerja dengan proses ini, penting untuk tidak hanya mengetahui perbedaan antara noda tetapi risiko kesehatan yang melekat.
Ethidium bromide kemungkinan merupakan pewarna paling terkenal yang digunakan untuk memvisualisasikan DNA. Dapat digunakan dalam campuran gel, buffer elektroforesis, atau untuk menodai gel setelah dijalankan.
Molekul pewarna menempel pada untaian DNA dan berfluoresensi di bawah sinar UV, menunjukkan dengan tepat di mana pita berada di dalam gel. Terlepas dari keuntungannya, downside adalah bahwa etidium bromida adalah karsinogen potensial, sehingga harus ditangani dengan sangat hati-hati.
SYBR Gold dye dapat digunakan untuk menodai DNA untai ganda atau untai tunggal atau untuk menodai RNA. SYBR Gold memasuki pasar sebagai salah satu alternatif pertama untuk etidium bromida dan dianggap lebih sensitif.
Karena fluoresensi molekul yang tidak terikat sangat rendah, destaining tidak diperlukan. Probe Molecular pemegang lisensi juga (sejak peluncuran SYBR Gold) mengembangkan dan memasarkan SYBR Safe dan SYBR Green yang merupakan alternatif yang lebih aman daripada ethidium bromide.
Noda SYBR Green I dan II (sekali lagi, dipasarkan oleh Probe Molekul) dioptimalkan untuk tujuan yang berbeda. Karena mereka berikatan dengan DNA, mereka masih dianggap sebagai mutagen potensial dan karena itu, mereka harus ditangani dengan hati-hati.
SYBR Green I lebih peka untuk digunakan dengan DNA beruntai ganda, sedangkan SYBR Green II, di sisi lain, adalah terbaik untuk digunakan dengan untai tunggal DNA atau RNA. Seperti pewarnaan ethidium bromide yang populer, pewarnaan yang sangat sensitif ini berpendar di bawah sinar UV.
SYBR Green I dan II direkomendasikan oleh pabrikan untuk digunakan dengan "254 nm epi-illumination Polaroid 667 black dan film putih dan filter fotografi noda SYBR Green "untuk mencapai deteksi 100 pg RNA atau DNA untai tunggal per pita.
SYBR Safe dirancang untuk menjadi alternatif yang lebih aman untuk Ethidium Bromide dan noda SYBR lainnya. Ini tidak dianggap limbah berbahaya dan umumnya dapat dibuang melalui sistem sewer biasa (mis., Selokan), karena pengujian toksisitas menunjukkan bahwa tidak ada toksisitas akut.
Menguji juga menunjukkan ada sedikit atau tidak ada genotoksisitas pada sel Embri Syri Hamster (SHE), limfosit manusia, sel limfoma tikus, atau dicatat dalam tes AMES. Noda dapat digunakan dengan transiluminator cahaya biru yang menyebabkan kerusakan DNA yang divisualisasikan lebih sedikit dan menawarkan efisiensi yang lebih baik untuk kloning selanjutnya.
Ini juga merupakan pilihan yang baik jika Anda menggunakan gel dengan titik leleh rendah untuk pemulihan DNA. Ini sangat stabil pada suhu tinggi dan memiliki fluoresensi yang sangat rendah, tetapi sangat fluoresen ketika terikat dengan DNA. Eva Green juga telah terbukti memiliki sitotoksisitas sangat rendah atau tidak ada atau sifat mutagenik.