Banjir bencana di Sungai Kuning mencuci tanaman, menenggelamkan penduduk desa, dan mengubah arah sungai sehingga tidak lagi bertemu dengan Grand Canal. Korban selamat dari bencana ini mulai berpikir bahwa penguasa etnis-Mongol mereka, yang Dinasti Yuan, telah kehilangan Mandat surga. Ketika para penguasa yang sama memaksa 150.000 hingga 200.000 rakyat Cina Han mereka untuk pergi ke corong tenaga kerja besar-besaran untuk menggali kanal sekali lagi dan bergabung dengan sungai, para buruh memberontak. Pemberontakan ini, yang disebut Pemberontakan Turban Merah, menandakan awal dari akhir pemerintahan Mongol atas Cina.
Pemimpin pertama Turban Merah, Han Shantong, merekrut pengikutnya dari para pekerja paksa yang menggali tempat tidur kanal pada tahun 1351. Kakek Han telah menjadi pemimpin sekte sekte Teratai Putih, yang memberikan dasar agama untuk Pemberontakan Turban Merah. Otoritas Dinasti Yuan segera menangkap dan mengeksekusi Han Shantong, tetapi putranya menggantikannya sebagai pemimpin pemberontakan. Kedua Hans bisa bermain atas rasa lapar pengikut mereka, ketidaksenangan mereka karena dipaksa untuk bekerja tanpa membayar untuk pemerintah, dan ketidaksukaan mereka yang mendalam akan diperintah oleh "orang barbar" dari Mongolia. Di Cina utara, ini menyebabkan ledakan aktivitas anti-pemerintah Turban Merah.
Sementara itu, di Tiongkok selatan, pemberontakan Turban Merah kedua dimulai di bawah kepemimpinan Xu Shouhui. Itu memiliki keluhan dan tujuan yang mirip dengan Turbans Merah utara, tetapi keduanya tidak terkoordinasi dengan cara apa pun.
Meskipun tentara tani awalnya diidentifikasi dengan warna putih (dari White Lotus Society) mereka segera beralih ke warna merah yang jauh lebih beruntung. Untuk mengidentifikasi diri mereka, mereka mengenakan ikat kepala merah atau hong jin, yang memberi pemberontakan nama umum sebagai "Pemberontakan Turban Merah." Berbekal senjata darurat dan peralatan pertanian, mereka seharusnya tidak menjadi ancaman nyata bagi pasukan pemerintah pusat yang dipimpin Mongol, tetapi Dinasti Yuan ada di sana kekacauan.
Awalnya, seorang komandan yang cakap bernama Ketua Dewan Toghto mampu mengumpulkan pasukan efektif 100.000 tentara kekaisaran untuk menjatuhkan Turbans Merah utara. Dia berhasil pada 1352, mengalahkan tentara Han. Pada 1354, Turbans Merah melakukan ofensif sekali lagi, memotong Grand Canal. Toghto mengumpulkan pasukan yang secara tradisional berjumlah 1 juta, meskipun itu tidak diragukan merupakan pembesar-besaran. Ketika dia mulai bergerak melawan Turbans Merah, intrik pengadilan mengakibatkan kaisar membubarkan Toghto. Para perwiranya yang marah dan banyak prajuritnya sepi untuk memprotes pemecatannya, dan pengadilan Yuan tidak pernah bisa menemukan jenderal yang efektif untuk memimpin upaya anti-Turban Merah.
Selama akhir 1350-an dan awal 1360-an, para pemimpin lokal Turbans Merah berjuang di antara mereka sendiri untuk menguasai tentara dan wilayah. Mereka menghabiskan begitu banyak energi satu sama lain sehingga pemerintah Yuan dibiarkan relatif damai untuk sementara waktu. Tampaknya pemberontakan itu akan runtuh di bawah beban ambisi panglima perang yang berbeda.
Namun, putra Han Shantong meninggal pada tahun 1366; beberapa sejarawan percaya bahwa jenderalnya, Zhu Yuanzhang, telah membuatnya tenggelam. Meskipun butuh dua tahun lagi, Zhu memimpin pasukan tani untuk menangkap ibukota Mongol di Dadu (Beijing) pada tahun 1368. Dinasti Yuan jatuh, dan Zhu mendirikan Han yang baru, secara etnis Cina dinasti yang disebut Ming.