Ada begitu banyak fakta ilmiah yang diterima oleh para ilmuwan dan bahkan masyarakat umum di masyarakat modern kita. Namun, banyak dari disiplin ilmu yang sekarang kita anggap akal sehat ini belum dibahas pada 1800-an ketika Charles Darwin dan Alfred Russel Wallace pertama kali menyusun Teori Evolusi seleksi alam. Walaupun ada cukup banyak bukti yang diketahui Darwin ketika dia merumuskan teorinya, ada banyak hal yang kita ketahui sekarang yang tidak diketahui Darwin.
Genetika, atau studi tentang bagaimana sifat diturunkan dari orang tua ke anak, belum disempurnakan ketika Darwin menulis bukunya Tentang Asal Mula Spesies. Disetujui oleh sebagian besar ilmuwan pada periode waktu itu bahwa keturunan memang mendapatkan karakteristik fisik mereka dari orang tua mereka, tetapi bagaimana dan dalam rasio apa tidak jelas. Ini adalah salah satu argumen utama yang ditentang lawan Darwin pada saat itu terhadap teorinya. Darwin tidak dapat menjelaskan, untuk memuaskan kerumunan anti-evolusi awal, bagaimana warisan itu terjadi.
Itu tidak sampai akhir 1800-an dan awal 1900-an itu Gregor Mendel melakukan pekerjaannya yang mengubah permainan dengan tanaman kacang polongnya dan dikenal sebagai "Bapak Genetika." Meskipun karyanya sangat bagus, sudah dukungan matematika dan benar bahwa butuh beberapa waktu bagi siapa pun untuk mengenali pentingnya penemuan Mendel di bidang genetika.
Karena bidang genetika tidak ada sampai tahun 1900-an, para ilmuwan zaman Darwin tidak mencari molekul yang membawa informasi genetik dari generasi ke generasi. Begitu disiplin genetika menjadi lebih luas, banyak orang berlomba untuk menemukan molekul mana yang membawa informasi ini. Akhirnya terbukti DNA, molekul yang relatif sederhana dengan hanya empat blok bangunan yang berbeda, memang merupakan pembawa semua informasi genetik untuk semua kehidupan di Bumi.
Darwin tidak tahu bahwa DNA akan melakukannya menjadi bagian penting dari Teori Evolusi-nya. Bahkan, subkategori evolusi disebut evolusi mikro sepenuhnya didasarkan pada DNA dan mekanisme bagaimana informasi genetik diturunkan dari orang tua ke anak. Penemuan DNA, bentuknya, dan blok-blok pembangunnya telah memungkinkan untuk melacak perubahan-perubahan yang terakumulasi dari waktu ke waktu untuk secara efektif mendorong evolusi.
Bagian lain dari teka-teki yang memberikan bukti untuk Sintesis Modern Teori Evolusi adalah cabang biologi perkembangan yang disebut Evo-Devo. Darwin tidak menyadari kesamaan di antara kelompok-kelompok organisme yang berbeda dengan bagaimana mereka berkembang dari pembuahan hingga dewasa. Penemuan ini tidak jelas sampai lama setelah banyak kemajuan dalam teknologi tersedia, seperti mikroskop berdaya tinggi, dan tes in-vitro dan prosedur laboratorium disempurnakan.
Para ilmuwan saat ini dapat memeriksa dan menganalisis bagaimana zigot sel tunggal berubah berdasarkan isyarat dari DNA dan lingkungan. Mereka mampu melacak persamaan dan perbedaan spesies yang berbeda dan melacaknya kembali ke kode genetik masing-masing sel telur dan sperma. Banyak tonggak perkembangan adalah sama antara spesies yang sangat berbeda dan menunjukkan gagasan bahwa ada nenek moyang yang sama untuk makhluk hidup di suatu tempat di pohon kehidupan.
Meskipun Charles Darwin memiliki akses ke katalog fosil yang telah ditemukan hingga tahun 1800-an, ada begitu banyak penemuan fosil tambahan sejak kematiannya yang berfungsi sebagai bukti penting yang mendukung Teori Evolusi. Banyak dari fosil "baru" ini leluhur manusia yang membantu mendukung gagasan Darwin tentang "keturunan melalui modifikasi" manusia. Sementara sebagian besar buktinya tidak langsung ketika ia pertama kali berhipotesis tentang gagasan bahwa manusia itu primata dan terkait dengan kera, banyak fosil telah ditemukan untuk mengisi kekosongan evolusi manusia.
Sementara ide evolusi manusia masih sangat banyak topik yang kontroversial, semakin banyak bukti terus terungkap yang membantu memperkuat dan merevisi ide-ide asli Darwin. Namun, bagian evolusi ini kemungkinan besar akan tetap kontroversial, sampai semuanya menjadi perantara fosil evolusi manusia telah ditemukan atau agama dan keyakinan orang-orang terhenti ada. Karena itu tidak mungkin terjadi, akan terus ada ketidakpastian seputar evolusi manusia.
Sepotong bukti lain yang kami miliki sekarang untuk membantu mendukung Teori Evolusi adalah bagaimana bakteri dapat beradaptasi dengan cepat untuk menjadi resisten terhadap antibiotik atau obat lain. Meskipun dokter dan petugas medis di banyak budaya telah menggunakan jamur sebagai penghambat bakteri, penemuan luas pertama dan penggunaan antibiotik, seperti penisilin, tidak terjadi sampai setelah Darwin meninggal. Faktanya, resep antibiotik untuk infeksi bakteri tidak menjadi norma sampai pertengahan 1950-an.
Itu tidak sampai bertahun-tahun setelah meluasnya penggunaan antibiotik menjadi umum bahwa para ilmuwan memahami bahwa paparan terus menerus terhadap antibiotik dapat mendorong bakteri berevolusi dan menjadi resisten terhadap penghambatan yang disebabkan oleh antibiotik. Ini sebenarnya adalah contoh yang sangat jelas dari seleksi alam dalam aksi. Antibiotik membunuh bakteri yang tidak kebal terhadapnya, tetapi bakteri yang resisten terhadap antibiotik bertahan dan berkembang. Akhirnya, hanya strain bakteri yang resisten terhadap antibiotik yang akan bekerja, atau "survival of the fittest"Bakteri telah terjadi.
Memang benar bahwa Charles Darwin memang memiliki sejumlah bukti terbatas yang dapat jatuh ke dalam kategori filogenetik, tetapi banyak yang telah berubah sejak ia pertama kali mengajukan Teori Evolusi. Carolus Linnaeus memang memiliki sistem penamaan dan pengelompokan di tempat ketika Darwin mempelajari datanya, yang membantunya merumuskan gagasannya.
Namun, sejak penemuannya, sistem filogenetik telah berubah secara drastis. Pada awalnya, spesies ditempatkan pada pohon filogenetik kehidupan berdasarkan karakteristik fisik yang serupa. Banyak dari klasifikasi ini telah diubah dari penemuan tes biokimia dan sekuensing DNA. Penataan ulang spesies telah berdampak dan memperkuat Teori Evolusi dengan mengidentifikasi sebelumnya terjawab hubungan antara spesies dan ketika spesies itu bercabang dari kesamaan mereka leluhur