Di daerah-daerah tertentu, seperti India selatan, kerajaan-kerajaan Hindu bertahan dan bahkan mendorong balik melawan gelombang Muslim. Anak benua itu juga menghadapi invasi oleh penakluk Asia Tengah yang terkenal Genghis Khan, yang bukan Muslim, dan Timur atau Tamerlane, yang dulu.
Periode ini merupakan awal dari Era Mughal (1526–1857). Itu Kekaisaran Mughal didirikan oleh Babur, seorang pangeran Muslim yang berasal dari Uzbekistan. Di bawah Mughal kemudian, khususnya Akbar Agung, para kaisar Muslim dan rakyat Hindu mereka mencapai pemahaman yang belum pernah terjadi sebelumnya dan menciptakan negara multikultural, multietnis, dan beragam agama yang indah dan berkembang.
Pada 1206, seorang mantan Mamluk budak bernama Qutbubuddin Aibak menaklukkan India utara dan mendirikan sebuah kerajaan. Dia menyebut dirinya sultan Delhi. Aibak adalah penutur bahasa Turki Asia Tengah, seperti juga pendiri tiga dari empat kesultanan Delhi berikutnya. Total lima dinasti sultan Muslim memerintah sebagian besar India utara hingga tahun 1526, ketika
Babur menyapu dari Afghanistan untuk menemukan Dinasti Mughal.Pada 1221, sultan Jalal ad-Din Mingburnu melarikan diri dari ibukotanya di Samarkand, Uzbekistan. Kekaisaran Khwarezmid-nya jatuh ke pasukan Jenghis Khan yang maju, dan ayahnya telah terbunuh, sehingga sultan baru melarikan diri ke selatan dan timur ke India. Di Sungai Indus di tempat yang sekarang Pakistan, orang-orang Mongol menangkap Mingburnu dan 50.000 pasukannya yang tersisa. Pasukan Mongol hanya 30.000 kuat, tetapi itu menyematkan Persia terhadap tepi sungai dan menghancurkan mereka. Mungkin mudah untuk merasa kasihan pada sultan, tetapi keputusan ayahnya untuk membunuh utusan Mongol adalah percikan langsung yang berangkat penaklukan Mongol Asia Tengah dan sekitarnya di tempat pertama.
Dinasti Chola di India selatan memiliki salah satu dari perjalanan dinasti terpanjang dalam sejarah manusia. Didirikan beberapa waktu pada 300-an SM, itu berlangsung hingga tahun 1250 Masehi. Tidak ada catatan tentang pertempuran menentukan tunggal; melainkan, Kekaisaran Pandyan yang bertetangga hanya tumbuh dalam kekuatan dan pengaruh sedemikian rupa sehingga membayangi dan secara bertahap memadamkan pemerintahan Chola kuno. Kerajaan-kerajaan Hindu ini cukup jauh ke selatan untuk menghindari pengaruh penakluk Muslim yang datang dari Asia Tengah.
Pada 1290, Dinasti Mamluk di Delhi jatuh, dan Dinasti Khilji muncul sebagai penggantinya menjadi keluarga kedua dari lima keluarga yang memerintah Kesultanan Delhi. Dinasti Khilji akan bertahan hanya sampai 1320.
Selama pemerintahan mereka yang singkat, 30 tahun, Dinasti Khilji berhasil menangkis sejumlah serangan dari Kekaisaran Mongol. Pertempuran terakhir yang menentukan yang mengakhiri upaya Mongol untuk merebut India adalah Pertempuran Jalandhar di India 1298, di mana tentara Khilji membantai sekitar 20.000 orang Mongol dan mengusir mereka yang selamat dari India baik.
Pada 1320, sebuah keluarga baru dari campuran darah Turki dan India mengambil alih Kesultanan Delhi, memulai periode Dinasti Tughlaq. Didirikan oleh Ghazi Malik, Dinasti Tughlaq berkembang ke selatan melintasi Dataran Tinggi Deccan dan menaklukkan sebagian besar India selatan untuk pertama kalinya. Namun, keuntungan teritorial ini tidak bertahan lama. Pada 1335, Kesultanan Delhi telah menyusut kembali ke daerah yang biasa di India utara.
Menariknya, musafir Maroko terkenal Ibnu Batutah menjabat sebagai qadi atau hakim Islam di pengadilan Ghazi Malik, yang telah mengambil nama takhta Ghyasuddin Tughlaq. Dia tidak terkesan dengan penguasa baru India, menyesalkan berbagai siksaan yang digunakan terhadapnya orang yang gagal membayar pajak, termasuk mata mereka dicabut atau dicurahkan timah hitam tenggorokan. Ibn Batutah sangat terkejut bahwa kengerian ini dilakukan terhadap Muslim dan juga kafir.
Ketika kekuatan Tughlaq memudar dengan cepat di India selatan, sebuah kerajaan Hindu baru bergegas untuk mengisi kekosongan kekuasaan. Kekaisaran Vijayanagara akan memerintah selama lebih dari tiga ratus tahun dari Karnataka. Ini membawa persatuan yang belum pernah terjadi sebelumnya ke India selatan, terutama didasarkan pada solidaritas Hindu dalam menghadapi ancaman Muslim yang dirasakan di utara.
Meskipun Vijayanagara mampu menyatukan banyak bagian selatan India, mereka segera kehilangan Dataran Tinggi Deccan yang membentang melintasi pinggang anak benua ke kesultanan Muslim baru. Kesultanan Bahmani didirikan oleh seorang pemberontak Turki melawan Tughlaq yang disebut Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Dia merebut Deccan dari Vijayanagara, dan kesultanannya tetap kuat selama lebih dari satu abad. Namun, pada 1480-an, Kesultanan Bahmani mengalami penurunan tajam. Pada 1512, lima kesultanan yang lebih kecil telah putus. Lima belas tahun kemudian, negara bagian Bahmani tengah hilang. Dalam pertempuran dan pertempuran yang tak terhitung jumlahnya, negara-negara penerus kecil berhasil mencegah kekalahan total oleh Kekaisaran Vijayanagar. Namun, pada 1686, Kaisar yang kejam Aurengzeb Mughal menaklukkan sisa-sisa terakhir Kesultanan Bahmani.
Kesultanan Madurai, juga dikenal sebagai Kesultanan Ma'bar, adalah wilayah lain yang dikuasai Turki yang telah membebaskan diri dari Kesultanan Delhi. Berbasis jauh di selatan di Tamil Nadu, Kesultanan Madurai berlangsung hanya 48 tahun sebelum ditaklukkan oleh Kerajaan Vijayanagara.
Kalender barat abad keempat belas berakhir dengan darah dan kekacauan bagi Dinasti Tughlaq di Kesultanan Delhi. Penakluk yang haus darah Timur, juga dikenal sebagai Tamerlane, menyerbu India utara dan mulai menaklukkan kota-kota Tughlaqs satu per satu. Warga di kota-kota yang dilanda pembantaian, kepala mereka yang terpotong menumpuk menjadi piramida. Pada bulan Desember 1398, Timur mengambil Delhi, menjarah kota dan membantai penduduknya. Tughlaq tetap berkuasa sampai 1414, tetapi ibu kotanya tidak pulih dari teror Timur selama lebih dari satu abad.