Penakluk Spanyol mencapai pulau-pulau Filipina pada 1521. Mereka menamai negara itu setelah Raja Philip II Spanyol pada 1543, mendesak untuk menjajah nusantara meskipun ada kemunduran seperti 1521 kematian Ferdinand Magellan, terbunuh dalam pertempuran oleh pasukan Lapu-Lapu di Pulau Mactan.
Dari tahun 1565 hingga 1821, Kekerabatan Spanyol Baru memerintah Filipina dari Kota Meksiko. Pada tahun 1821, Meksiko merdeka, dan pemerintah Spanyol di Madrid mengambil kendali langsung atas Filipina.
Selama periode antara 1821 dan 1900, nasionalisme Filipina berakar dan tumbuh menjadi revolusi anti-imperial yang aktif. Ketika Amerika Serikat mengalahkan Spanyol di Spanyol Perang Spanyol-Amerika tahun 1898, Filipina tidak mendapatkan kemerdekaannya tetapi malah menjadi milik Amerika. Akibatnya, perang gerilya melawan imperialisme asing hanya mengubah target kemarahannya dari pemerintahan Spanyol ke pemerintahan Amerika.
Tiga pemimpin kunci menginspirasi atau memimpin gerakan Kemerdekaan Filipina. Dua yang pertama - Jose Rizal dan Andres Bonifacio - akan memberikan kehidupan muda mereka untuk tujuan ini. Yang ketiga, Emilio Aguinaldo, tidak hanya bertahan menjadi presiden pertama Filipina, tetapi juga hidup sampai pertengahan 90-an.
Jose Rizal adalah pria yang cerdas dan multi talenta. Dia adalah seorang dokter, novelis, dan pendiri La Liga, kelompok penekan damai anti-kolonial yang bertemu sekali pada tahun 1892 sebelum pemerintah Spanyol menangkap Rizal.
Jose Rizal menginspirasi para pengikutnya, termasuk pemberontak yang berapi-api, Andres Bonifacio, yang menghadiri pertemuan La Liga yang asli itu dan membangun kembali kelompok itu setelah penangkapan Rizal. Bonifacio dan dua rekannya juga berusaha menyelamatkan Rizal dari sebuah kapal Spanyol di Manila Harbor pada musim panas 1896. Namun pada Desember, Rizal yang berusia 35 tahun diadili di pengadilan militer palsu dan dieksekusi oleh regu tembak Spanyol.
Andres Bonifacio, dari keluarga miskin kelas menengah di Manila, bergabung dengan keluarga Jose Rizal Kelompok La Liga yang damai tetapi juga percaya bahwa Spanyol harus diusir dari Filipina oleh memaksa. Dia mendirikan kelompok pemberontak Katipunan, yang menyatakan kemerdekaan dari Spanyol pada tahun 1896 dan mengepung Manila dengan pejuang gerilya.
Bonifacio berperan penting dalam mengatur dan memberi energi oposisi terhadap pemerintahan Spanyol. Dia menyatakan dirinya sebagai presiden Filipina yang baru merdeka, meskipun klaimnya tidak diakui oleh negara lain. Bahkan, bahkan pemberontak Filipina lainnya menantang hak Bonifacio untuk menjadi presiden, karena pemimpin muda itu tidak memiliki gelar sarjana.
Hanya satu tahun setelah gerakan Katipunan memulai pemberontakannya, Andres Bonifacio dieksekusi pada usia 34 oleh sesama pemberontak, Emilio Aguinaldo.
Keluarga Emilio Aguinaldo relatif kaya dan memegang kekuasaan politik di kota Cavite, di semenanjung sempit yang menjorok ke Teluk Manila. Situasi Aguinaldo yang relatif istimewa memberinya kesempatan untuk mendapatkan pendidikan yang baik, seperti yang dilakukan Jose Rizal.
Aguinaldo bergabung dengan gerakan Katipunan Andres Bonifacio pada tahun 1894 dan menjadi jenderal wilayah Cavite ketika perang terbuka pecah pada tahun 1896. Dia memiliki keberhasilan militer yang lebih baik daripada Bonifacio dan memandang rendah presiden yang ditunjuknya sendiri karena kurangnya pendidikan.
Ketegangan ini memuncak ketika Aguinaldo mencurangi pemilihan dan mendeklarasikan dirinya sebagai presiden Bonifacio. Pada akhir tahun yang sama, Aguinaldo akan memerintahkan Bonifacio dieksekusi setelah pengadilan palsu.
Aguinaldo pergi ke pengasingan pada akhir 1897, setelah menyerah ke Spanyol, tetapi dibawa kembali ke Spanyol Filipina oleh pasukan Amerika pada tahun 1898 untuk bergabung dalam pertempuran yang menggulingkan Spanyol setelah hampir empat abad. Aguinaldo diakui sebagai presiden pertama Republik Filipina yang merdeka tetapi ternyata terpaksa kembali ke gunung sebagai pemimpin pemberontak sekali lagi ketika Perang Filipina-Amerika pecah 1901.