Buffer TBE (Tris-borate-EDTA) adalah larutan buffer yang terdiri dari basa Tris, asam borat, dan EDTA (asam etilendiaminetetraasetat). Buffer ini sering digunakan untuk elektroforesis gel agarosa dalam analisis produk DNA yang dihasilkan dari amplifikasi PCR, protokol pemurnian DNA, atau eksperimen kloning DNA.
Penggunaan TBE
Buffer TBE sangat berguna untuk pemisahan fragmen DNA yang lebih kecil (MW <1000), seperti produk kecil enzim restriksi mencerna. TBE memiliki kapasitas buffer yang lebih besar dan akan memberikan resolusi yang lebih tajam daripada buffer TAE. Buffer TAE (Tris-asetat-EDTA) adalah solusi yang terdiri dari basa Tris, asam asetat, dan EDTA.
TBE umumnya lebih mahal daripada TAE dan menghambat DNA ligase, yang dapat menyebabkan masalah jika langkah-langkah pemurnian dan ligasi DNA selanjutnya dimaksudkan. Dengan tiga langkah sederhana berikut ini, pelajari cara membuat buffer TBE. Seharusnya tidak lebih dari 30 menit untuk membuatnya.
Apa yang kau butuhkan
Untuk membuat buffer TBE, Anda hanya perlu empat zat. Item yang tersisa dalam daftar ini adalah peralatan. Keempat zat yang dibutuhkan adalah garam disodium EDTA, basa Tris, asam borat dan air deionisasi.
Sedangkan untuk peralatan, Anda akan membutuhkan pengukur pH dan standar kalibrasi, yang sesuai. Selain itu, Anda membutuhkan gelas atau labu 600 mililiter dan 1500 mililiter. Membulatkan kebutuhan peralatan Anda adalah silinder lulus, batang aduk dan pelat aduk.
Periksa inventaris di lab yang akan Anda gunakan untuk memastikan Anda memiliki semua yang Anda butuhkan sebelum memulai. Tidak ada yang lebih buruk daripada harus berhenti di tengah mempersiapkan solusi karena Anda kehabisan bahan yang tepat.
Jika lab Anda ada di sekolah atau di tempat kerja Anda, tanyakan kepada personel yang tepat untuk memastikan bahwa mereka memiliki semua item dalam stok. Melakukannya dapat menghemat waktu dan energi Anda pada akhirnya.
Berat rumus disingkat FW. Ini adalah berat atom suatu unsur dikalikan dengan jumlah atom dari masing-masing unsur dalam suatu formula, kemudian menambahkan semua massa masing-masing unsur secara bersamaan.
Solusi Stok EDTA
Solusi EDTA harus dipersiapkan sebelumnya. EDTA tidak akan sepenuhnya masuk ke dalam larutan sampai pH diatur sekitar 8,0. Untuk larutan stok 500 mililiter 0,5 M EDTA, timbanglah 93,05 gram garam disodium EDTA (FW = 372,2). Kemudian larutkan dalam 400 mililiter air deionisasi dan sesuaikan pH dengan NaOH (natrium hidroksida). Setelah itu, tambahkan solusi ke volume akhir 500 mililiter.
Solusi Stok TBE
Buat larutan stok terkonsentrasi (5x) TBE dengan menimbang 54 gram basa Tris (FW = 121,14) dan 27,5 gram asam borat (FW = 61,83) dan melarutkan keduanya dalam sekitar 900 mililiter deionisasi air. Kemudian tambahkan 20 mililiter 0,5 M (molaritas, atau konsentrasi) EDTA (pH 8,0) dan sesuaikan larutan ke volume akhir 1 liter. Larutan ini dapat disimpan pada suhu kamar tetapi endapan akan terbentuk dalam larutan yang lebih tua. Simpan penyangga dalam botol kaca dan buanglah jika endapan telah terbentuk.
Solusi Kerja TBE
Untuk elektroforesis gel agarosa, buffer TBE dapat digunakan pada konsentrasi 0,5x (pengenceran 1:10 dari stok terkonsentrasi). Encerkan larutan stok dengan 10x dalam air deionisasi. Konsentrasi zat terlarut akhir adalah 45 mM Tris-borate dan 1 mM (milimolar) EDTA. Buffer sekarang siap digunakan di menjalankan gel agarosa.